Theo mục đích thành lập đã được ghi trong dự án thì khu bảo tồn này nhằm Bảo tồn một mô hình điển hình về đa dạng sinh học biển có tầm quan trọng quốc tế và đang bị đe dọa và đạt được mục tiêu giúp các cộng đồng dân cư tại các đảo nâng cao đời sống và cộng tác với các bên liên quan khác để bảo vệ và quản lý có hiệu quả đa dạng sinh học biển Hòn Mun, tạo nên một mô hình hợp tác quản lý cho các khu bảo tồn biển của Việt Nam.